El liberalismo propugno el laicismo en sus consignas. El discurso de los “librepensadores” de siglo penetro en la mentalidad de algunos sectores de la clase media. La Iglesia Católica fue nuevamente desplazada y agredida por la ideología positivista y cientificista que primaba entre los liberales. El enfrentamiento entre la Iglesia y el Estado generó posiciones encontradas, críticas y controversias ideológicas que repercutieron en la política. Estas críticas partieron de especulaciones, fundamentadas en muchos casos, sobre la influencia de la masonería entre los liberales.

Coincidentemente, la época de mayor trascendencia en la historia de la masonería fue entre 1880 y 1917, "años en los que se cimentaron las bases de la Orden como institución tutelar de jerarquía" según expresa un documento, aparentemente, la intelectualidad liberal tenia vinculaciones jerárquicas con la Orden, pues entre los aspectos controversiales, estaba el hecho de que varios de los principales caudillos liberales eran miembros de la Logia masónica. Parece confirmarse que "la masonería había dejado de ser victima de la intolerancia para convertirse en objeto de la naciente política".

Sin comprobar su directa participación en el campo de las decisiones políticas, el Testamento de Zoilo Flores (octubre de 1885) – connotado representante de la Orden masónica debela coincidencias ideológicas entre masones y liberales. Ambos proclamaban libertad, dignidad personal, independencia de pensamiento, religión pura, igualdad, libertad de conciencia, fraternidad e ilustración.
La aplicación de las nuevas leyes, atribuida por el clero a ideologías foráneas, determino una lucha frontal entre la Iglesia y el Estado. En el parlamento, en los pulpitos y en la prensa se debatían las ideas, a medida que se imponían algunos conceptos liberales en algunos círculos, sobre todo en la elite intelectual. Algunas leyes: la libertad de cultos (1906), la del matrimonio civil (1911), la de secularización de cementerios y la abolición del fuero clerical, fueron precursoras en el Continente.

En cuanto a la igualdad y el reconocimiento de los derechos civiles de los bolivianos, no obstante haberse proclamado el derecho al sufragio, la realidad continuaba respondiendo a los moldes tradicionales. Ele ejercicio ciudadano esta supeditado a factores raciales y culturales. De tres millones de bolivianos solo votaban entre 70.000 y 80.000 “ciudadanos”, la mayoría de raza blanca. La concurrencia a las urnas respondía a los moldes tradicionales, pues los indios y mestizos no votaban.

El notable impulso a la educación básica y técnica que caracteriza esta etapa, si bien amplio las posibilidades y se registro un paulatino ascenso social de los sectores intermedios, no modifico las contradicciones estructurales de la sociedad, subsistiendo la marginalidad política para los indios y mestizos.

La legislación velaba por los derechos patronales, otorgaba ventajas a banqueros, inversionistas, terratenientes y comerciantes. Junto al desarrollo de los sectores exportadores se produjo la sujeción indígena a las economías de exportación. Los propietarios se servían de la mano s de obra pagando bajos salarios, a tiempo que pagaban bajos impuestos al Estado.