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Para Santa Cruz, el ejército era la institución que debía resguardar la seguridad nacional frente a las ambiciones expansionistas, especialmente peruanas. También debía dejar de ser una amenaza a la estabilidad política y garantizar un orden interno; a tal efecto estableció la pena de muerte por sedición. El año 1829 promulgo el reglamento orgánico militar para organizar un ejército eficiente; también se creo un Tribunal de Justicia Militar que debía legislar un ejército promedio de 3.000 hombres, de acuerdo a las necesidades de la política externa. Se reclutaron importantes oficiales extranjeros, veteranos de la Guerra de la Independencia, conformando un excelente Estado Mayor de gran utilidad y fidelidad al Mariscal. El gobierno reglamento que el indio no fuera enrolado en el ejército o la guardia nacional, lo que lo excluía del derecho a la ciudadanía.
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