La experiencia de la Guerra Federal tuvo efectos perversos en la sociedad boliviana, pues el temor a la fuerza indígena reafirmo la tendencia racista de la sociedad criolla. Surgió el llamado darwinismo social, como componente ideológico de las clases dominantes. Esta tendencia, planteaba posturas contrapuestas entre el rol civilizador del blanco y los instintos bárbaros del indígena, rasgo que para los darvinistas sociales quedaba demostrado en las masacres de los ejércitos constitucionalista y federal en Mohoza, Ayo Ayo. Corocoro y Peñas (1899). El social darwinismo proponía la necesidad de asimilar a los indios a la civilización, o en su caso, extinguir sus posibilidades descabezando el caudillismo indígena. Tal como sucedió con Zárate Willka (1902). Esta ambigüedad se hizo mas patente cuando Bautista Saavedra, abogado defensor de los cabecillas en el proceso de Mohoza (1900-1902), dictaminó la condena de varios de ellos. Si bien, la muerte de Pablo Zárate descabezo el movimiento indio, no disminuyo la resistencia de estos a las leyes que permitieron la expansión hacendataría sobre las tierras de comunidad.

El ejército fue otra forma de incorporar a la raza indígena a la civilización. Con gran cautela y asumiendo criticas, en 1908. El gobierno de Montes ordeno su reclutamiento en áreas rurales. El presidente expresaba que "el sistema democrático necesitaba de todos, sin distinción de raza o clase". La escuela de "Clases" bajo la asesoría de alemanes y franceses emprendió una tarea de modernización, sin embargo no consiguió su prepósito "civilizador" ni catalizador de las diferencias sociales y raciales.