Superada la primera fase de penetración y asentamiento, los misioneros se dedicaron a consolidar la obra siguiendo las directrices ya sancionadas por la experiencia de medio siglo de éxito. Toda la misión estaba bajo la autoridad inmediata de un superior que era nombrado por el Provincial del Paraguay. En cada uno de los pueblos o reducciones había dos misioneros que eran los responsables máximos de la vida local: uno se ocupaba del gobierno espiritual y otro del material. Para los asuntos de menor cuantía hubo un gobierno de los propios indios, cuya máxima autoridad era representada por un cacique asistido por autoridades de rango inferior y que componían el cabildo.

El trabajo estaba perfectamente organizado. Se contaba con un mayordomo y un tenerte para cada clase de industria, que tenia como encargo velar por el buen desarrollo del trabajo y la buena calidad de sus productos. Cada cabeza de familia recibía una parcela que debía trabajar. El producto de esta era entregado íntegramente a los misioneros. De esta forma había un fondo común del que los padres hacían un reparto quincenal; una ración de carne, el vestido necesario, medicina, etc. En este reparto se incluían a las personas no productiva, viudas, ancianos, enfermos, niños y aquellos que se dedicaban a trabajos en la iglesia.

La educación religiosa seguía un plan preestablecido: los menores de doce años estaban obligados a asistir todos los días a misa y por la noche a las oraciones y a la enseñanza del catecismo; los mayores asistían a la misa dominical y a la explicación de la doctrina. Los niños eran educados en dos escuelas, una para letras y otra para la música y el canto, elemento muy importante entre estos indios y que los misioneros supieron aprovechar para la evangelización. Todos debían aprender a leer y a escribir, “pero estaba prohibido estudiar la lengua española para que la comunicación no corrompiese su sencillez”. La enseñanza de artes oficios no estaba limitada a los niños. Dada las buenas disposiciones y sensibilidad de estos indios, pronto se convirtieron en magníficos artistas.