La alianza Inca- Lupaca precedió al conjunto de conquistas cusqueñas en el Collasuyu. Cari, señor Lupaza, fue reconocido como una autoridad de segunda categoría dentro la estructura política inca, fue su yanapaque (ayudante). Sin embargo, esta unión históricamente hay que ubicarla cuando todavía los incas no eran la potencia de principios del siglo XVI. Un caso parecido pero bajo otras connotaciones políticas, tempor5alemte en una fecha tardía (principios del siglo XVI), ocurrió con la Confederación Charca, que luego de alguna escaramuzas bélicas, fue atraído mediante dones al estado Inca.

El proceso de conquista del Collasuyo se realizo mediante el ritual de la guerra y a través de la seducción de que fueron objeto los señoríos aymaras; inclusive ambas estrategias se utilizaron en los enfrentamientos violentos. Frente a esas sutiles políticas de anexión, el descontento, la resistencia y la rebelión aymara ante el estado Inca, fueron severamente reprimidos.

Una de las grandes rebeliones, por las connotaciones sociopolíticas que tuvo, es la ocurrida al finalizar el gobierno de Pachacutec. Aproximadamente, el año 1471, poco después que los Collas fueran conquistados, a raíz de ausencia de Pachacutec, que a la sazón se encontraba en el oriente del imperio, se especulo que el soberano Inca ya no regresaría o que su ejercito llegaría diezmado, por ello, desde el nudo de Vilcanota hacia el sur, se proyecto una de las mas grandes rebeliones aymaras. La idea de recuperar la libertad y la discusión acerca de la legitimidad de estar sujeto aun solo “señor” (al inca), fueron un poderoso motivo de unión entre los lideres de los señoríos aymaras. Inclusive el jefe de los Lupaca –aliado de los soberanos del Cusco-, asistió a dicho conclave, allí: “juntos en atuncollao y en Chuchito, donde se hallaron (sic) Cari y Zapana y Humilla y el señor de Azángaro y otros muchos, hicieron su juramento, conforme a su sequedad de llevar adelante su intención y determinación; y pusiese en un templo entre las cosas sagradas, para que fuese testigo de lo que se ha dicho; y luego mataron a los gobernadores y delegados que estaban entre ellos; y por todo el reino se divulgo la rebelión en el Collao y de la muerte que habían dado a los orejones” (Cieza de León, 1553/1967:178). Sin duda que en esa oportunidad hubo una hecatombe entre los funcionarios cusqueños instalados en el Collasuyu. Esta coyuntural alianza política pan-aymara rubricada a través de la guerra, reunió por primera vez a los líderes de los señoríos aymaras.

La represión inca a la rebelión aymara fue una respuesta contundente. No la pudo emprender Pachacutec por su avanzada edad, sino que la campaña militar la encabezo Tupac Inca Yupanqui con bastante éxito. Cieza de León, anota que el enfrentamiento decisivo entre Collas e Incas, se produjo en la población de Pucará, localizada al extremo norte del lago Titicaca, del que salieron victoriosos los cusqueños (1553/1967:182). Como resultado de esta acción, casi todos los líderes aymara, a excepción de los Lupaza, fueron trasladados al Cusco, donde recibieron severos castigos. Sin embargo, los grupos aymaras más aguerridos, localizados en la ribera oriental del lago Titicac-Omasuyos, cuya cabecera política era el pueblo de Carabuco, en los enfrentamientos de las serranías que corren paralelas al Lago, fueron completamente diezmados.

A Tupac Yupanqui le cupo incorporar a los señoríos del sur y a los pueblos vallunos. Después que el ejército local se refugiara en una fortaleza natural llamada Oroconta (Chuquisaca), merced a una peculiar estratagema utilizada –atraída por unas mujeres-, los Charcas cayeron en manos del Inca. Mientras tanto, en los valles interandino, específicamente en su parte norte, los incas consiguieron el reconocimiento del gobernador de los Callawayas (Saignes, 1985:189). Pero esta pacifica penetración no pudo verificarse en la cuenca del río Llica, asentamiento de los Mollo, siendo incendiadas sus ciudades y talados sus andenes de cultivos, como lo evidencian las indagaciones arqueológicas.